John Stuart Mill nació en Londres el año 1806. Fue el primogénito de James Mill, historiador, economista y filósofo inglés que contribuyó decisivamente a la difusión de las ideas utilitaristas de Jeremy Bentham.
John Stuart fue educado exclusivamente por su padre, ferviente partidario de la disciplina y de los autores clásicos para moldear el carácter y la inteligencia de los jóvenes. A la edad de ocho años, cuando ya era capaz de leer autores griegos en la lengua original (Esopo, Herodoto), John Stuart empezó a estudiar latín, geometría y álgebra. Con diez años, podía leer a Platón y Demóstenes con facilidad, a los doce se dedicó al estudio de Aristóteles y de la lógica escolástica, el año siguiente comenzó a estudiar economía política y se familiarizó con las ideas de Adam Smith y David Ricardo. Esto no le impidió leer muchos libros de historia en inglés y prácticamente todas las obras griegas y latinas que se utilizaban en los colegios y universidades de la época.
Entre mayo de 1820 y julio de 1821, el joven John Stuart residió en Francia en casa de un hermano del filósofo Jeremy Bentham, y allí estudio francés, química y botánica.
De vuelta a Londres, empezó a estudiar psicología y derecho, con la intención de dedicarse a las leyes, pero poco después, cuando apenas tenía 17 años, entró en la oficina de exámenes de la India House, en la que ocupó diversos puestos: examinador ayudante en 1828, encargado de las relaciones entre la British East India Company y los estados indios de 1936 (año en que murió su padre) hasta 1856, y director de la oficina de exámenes desde ese año hasta la disolución de la compañía en 1858.
Stuart Mill rechazó entonces un puesto en el consejo del nuevo organismo encargado de las relaciones con la India y prefirió jubilarse con una pensión de 1500 libras. Poco después murió su mujer, Harriet Hardy Taylor, escritora que compartía sus ideales políticos, con la que se había casado en 1851.
La actividad de John Stuart Mill como escritor empezó hacia 1822 con una serie de artículos y ensayos, que fueron apareciendo en publicaciones como The Traveller, The Morning Chronicle o The Westminster Review. Tras una crisis personal, de la que salió con un pensamiento menos rígido y con unas ideas más tolerantes sobre la naturaleza humana, Stuart Mill vuelve a publicar a partir de 1830, con trabajos sobre filosofía, lógica y economía política, aparecidos en The Examiner, The London and Westminster Review y The Edinburgh Review.
Sus ideas sobre la lógica aparecen expuestas en A system of Logic, obra en dos volúmenes publicada en 1843, en la que propone integrar la nueva lógica inductiva en la lógica deductiva tradicional como base para los nuevos métodos de investigación científica, y en la que formula una lógica de las ciencias humanas basada en las relaciones de causalidad tal como las entiende la filosofía de Hume.
Las ideas sobre economía política de Stuart Mill se encuentran explicadas, básicamente, en su obra Principles of Political Economy, publicada en dos volúmenes en 1848. Convencido de que la cuestión social es tan importante como los problemas políticos, Stuart Mill pone en duda el carácter inamovible de la propiedad privada y critica el sistema de distribución del trabajo y de la propiedad que condena a las clases trabajadoras, en la emergente sociedad industrial, a una existencia desesperada de hambre y miseria. Aunque no llega a una solución de tipo socialista, John Stuart Mill tiene el mérito de haberse replanteado el tema social desde una perspectiva nueva.
Tras la muerte de su mujer, Stuart Mill publicó una serie de obras sobre ética y política que en parte había escrito en colaboración con ella: On Liberty (1859), Thoughts on Parliamentary Reform (1859) y Considerations on Representative Government (1861), en las que expone sus ideas sobre el gobierno democrático de las naciones.
Al mismo tiempo, Stuart Mill participa en la vida política de forma activa. Así, apoya de forma incondicional la postura de los abolicionistas de la esclavitud en la Guerra Civil de los Estados Unidos y es elegido para el parlamento de Westminster en 1865, donde defiende sus ideas progresistas. Derrotado en las elecciones de 1868, Stuart Mill se retira a su villa de Aviñón. Allí pasó el resto de su vida, dedicado a leer, escribir, pasear y charlar con amigos y contertulios hasta su muerte, ocurrida el 8 de mayo de 1873.
Tras su muerte aparecieron algunas obras más de forma póstuma: Su Autobiography y Three Essays on Religion, ambas publicadas en 1874.  El cuarto volumen de sus Dissertations, recopilación de artículos y ensayos publicados en los últimos años, apareció en 1875.

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